Na concepção de Morin (2002) a complexidade deve ser considerada como um desafio ou como uma motivação para pensar, que, assim como a simplificação possibilita programar e esclarecer.
O problema da complexidade constitui, primeiramente, um esforço para conceber um incontornável desafio que o real lança à mente do cientista.
Além disso, a complexidade também não deve ser confundida com a completude, pois o problema da complexidade não é o da completude, mas o da incompletude do conhecimento, assegura Morin (2002).
Neste sentido, o pensamento complexo procura dar conta daquilo que os diferentes tipos de pensamento mutilante se desfazem, ou seja, o objetivo da complexidade é prestar contas das articulações despedaçadas pelos cortes entre as disciplinas, entre categorias cognitivas e entre tipos de conhecimento.
Assim, o paradigma da complexidade não pretende fornecer todas as informações acerca de um fenômeno estudado, mas respeitar suas diferentes dimensões.
Morin (2002) argumenta que a complexidade emerge como uma dificuldade e como incerteza e o problema consiste em saber se há uma possibilidade de responder a desafio proposto pela incerteza e pela dificuldade.
O desafio atrelado à complexidade faz renunciar ao mito de uma elucidação total do universo, incitando, porém, a engajar-se na aventura do conhecimento obtido por intermédio do diálogo com o universo.
Esse diálogo com o universo constitui a própria racionalidade que elimina a eventualidade, a desordem e contradição do campo da pesquisa científica, no intento de abranger o real dentro de uma estrutura de idéias coerentes.
Destarte, o conhecimento complexo permite desenvolver no mundo concreto o real de cada fenômeno.
Morin (2002) assegura que o paradigma da complexidade não possui uma metodologia, mas pode ter seu método com base na idéia de “lembrete”. Isto significa que a complexidade pede para pensar em conceitos, sem nunca pensá-los como concluídos ou fechados, para que se possa restabelecer as articulações entre o que foi separado e, assim, compreender a multidimensionalidade, pensando na singularidade com a localidade, sem nunca esquecer as totalidades que integram todo o pensamento sistemático.