A complexidade também envolve o pensar de modo organizacional, compreendendo que esta organização não se resume a alguns princípios de ordem ou leis, mas a organização necessita de um pensamento extremamente elaborado. Um pensamento de organização que não inclua a relação auto-organizadora, intimamente relacionada com o meio-ambiente.
Pois, para Morin (2002), os aspectos da crise na atualidade decorrem do estado desorganizado das idéias humanas, dominadas por conceitos, teorias e doutrinas por ela mesma produzidas.
Destarte, é essencial para enfrentar os problemas enternecedores dos dias atuais o estabelecimento de diálogos entre as mentes e suas realizações construídas em idéias e sistemas de idéias.
A complexidade não está atrelada ao fenômeno do real, mas em seu próprio princípio.
Conforme Morin (2002), o fundamento físico daquilo que é chamado de realidade não é simples, mas complexo. Neste sentido, por exemplo, o paradigma da complexidade defende que o átomo não se constitui como uma substância simples, conquanto ser partícula elementar não é uma unidade primeira que representa simplicidade, visto que oscila entre o ser e o não ser, podendo conter componentes cuja natureza não é isolável.
Entrementes, no âmbito macroscópico, a simplicidade também não se faz inerente à realidade, pois o universo não se apresenta de forma totalmente ordenada. O que se verifica no mundo é uma realidade ambígua, isto é, disseminada, mas também concentrada, desintegrada, mas ao mesmo tempo organizada, constituindo assim a complexidade que não pode ser simplificada.
O paradigma do sistema da complexidade, também complexo, obriga a unir noções que se excluem no âmbito do princípio da simplificação ou redução, ou seja, a ele estão atreladas as noções contraditórias, como uno e múltiplo, todo e partes, sendo que estas noções são desorganizadas ou organizadas à medida em que se desenvolve a relação entre o sujeito (observador) e o objeto (sistema observado).
Essa relação entre sujeito e objeto é complexa, pois estabelece uma implicação mútua e uma conjunção necessária entre noções classicamente distintas assegura Morin (2002). O paradigma da complexidade estabelece uma relação entre as noções de sistema, organização, existência e ser.
Não obstante, esse sistema também é complexo pelo fato de introduzir uma causalidade complexa, mormente a idéia de econautocausalidade, sendo a autocausalidade, uma causalidade externa e recorrente, na qual o processo organizador é responsável por elaborar os produtos, ações ou efeitos substanciais à sua própria geração ou regeneração.